Secara geografis, Desa Long Katung teletak pada posisi 152⁰ 30’ – 152⁰ 39’ BT 7⁰ 66’ – 8⁰ 98’ LU, dengan batas-batas administratif pemerintah Desa sebagai berikut :

                     Sebelah Utara      : Kecamatan Krayan Timur

                     Sebelah Barat      : Desa Long Nawang

                     Sebelah Selatan   : Desa Liang Butan

                     Sebelah Timur     : Long Bawan

Dilihat dari Topografi dan kontur tanah, Desa Long Katung Kecamatan Krayan Kabupaten Nunukan secara umum berupa Persawhan dan Perbukitan yang berada pada ketinggian antara 900 ms.d. 1000 mdi atas permukaan laut dengan suhu rata-rata berkisar antara 17⁰ s/d 20⁰ C.

Secara administratif, Desa Long Katung terletak diIbu Kota Kecamatan Krayan Kabupaten Nunukan, dan posisi Kantor Kecamatan dan Kantor Muspika ada diwilayah Long katung. Sedangkan jarak tempuh ke Ibu Kota Kabupaten hanya dapat di tempuh melalui pesawat udara dengan waktu tempuh sekitar 1 jam.